Các giống vật nuôi bản địa là một bộ phận quan trọng của đa dạng sinh học là tài sản quý giá hiện đang phát huy ý nghĩa kinh tế, đặc biệt là các giống thuần thích nghi với điều kiện sinh thái địa phương đồng thời còn là nguyên liệu phục vụ cho công tác lai tạo giống trước mắt và sau này. Ở Việt Nam, trong thời gian qua, các giống vật nuôi bản địa dưới tác động của thiên nhiên và áp lực của kinh tế thị trường v.v cũng đang bị làm nghèo đi, mất dần. Sự suy thoái hoặc tuyệt chủng của nhiều giống vật nuôi địa phương, những giống tuy năng suất có thể không cao nhưng mang những đặc điểm quí giá như thịt thơm ngon, chịu đựng dinh dưỡng thấp, thích nghi với điều kiện sinh thái sẽ là một mất mát rất lớn không những về giá trị kinh tế mà còn cả ở trên lĩnh vực đa dạng di truyền và văn hoá vùng, miền.

Nhiều giống vật nuôi có nguy cơ thoái hóa giống, chẵng hạn như các giống bò vì chăn nuôi bò thả rông ở vùng cao (bò H'mông) rất dễ xảy ra tình trạng phối giống cận huyết làm ảnh hưởng đến chất lượng đàn bò. Những nguy cơ thoái hóa giống do giao phối cận huyết là hiện hữu vì có những nơi, tổng đàn có xu hướng giảm. Nguyên nhân chủ yếu là với tập quán thả rông gia súc, khi bãi chăn thả ngày càng ít đi do khai hoang ruộng và trồng rừng, khoanh nuôi bảo vệ rừng cho nên người dân không có chỗ chăn thả, do tỷ lệ sinh đẻ của bò thấp, không đủ bù vào số bò đã bán đi, một số bò dự án hỗ trợ không được chăm sóc nuôi dưỡng tốt, cho nên bò vùng thấp kém thích nghi với điều kiện khí hậu vùng cao dẫn đến bị chết yểu.

Trọng lượng ngày càng nhỏ vì nguyên nhân chủ yếu dẫn đến trọng lượng đàn bò ngày càng nhỏ là do khai thác bò mang tính tự nhiên, thiếu khoa học, đã gây ra một số vấn đề bất cập là: số bò được bán thường là những con to, có sản lượng thịt lớn, số bò còn lại kém hơn để lại làm giống; việc bán hoặc thịt đi một số lượng bò có giống tốt đã gây ra suy thoái giống bò còn lại. Mặt khác, việc sử dụng bò đực giống cũng hoàn toàn mang tính tự nhiên, dẫn đến hiện tượng cận huyết làm cho chất lượng con giống ngày càng giảm. Thứ ba, tỷ lệ sinh sản thấp vì giống bò đang bị thoái hoá, khả năng sinh đẻ thấp. Không có bò đực giống, hoặc bò đực giống không đảm bảo chất lượng cộng với việc cho giao phối tự nhiên không kiểm soát dẫn đến tỷ lệ thụ thai bò cái thấp. Mặt khác do việc chăn thả rông cho nên số bê sinh ra không được phát hiện, chăm sóc dẫn đến tỷ lệ chết khá lớn.